大箐东锡矿的成矿模式是个旧超大型锡多金属矿集区成矿过程的典型缩影。燕山中—晚期，个旧地区处于环太平洋构造域与特提斯构造域交汇部位，岩石圈发生伸展减薄，陆壳物质重熔形成富硅、富碱、富挥发分的花岗质岩浆。岩浆沿五子山复式背斜轴部及北东向、东西向、北西向断裂交汇处脉动上侵，在中三叠统个旧组碳酸盐岩地层之下定位，形成隐伏黑云母花岗岩体，为锡等亲花岗岩成矿元素提供了物质来源和热动力。

成矿过程可划分为五个阶段：①接触交代成矿阶段，含矿热液沿花岗岩与个旧组碳酸盐岩的接触带运移，发生接触交代作用，形成透辉石、石榴子石、阳起石等矽卡岩矿物，同时锡石、磁黄铁矿、黄铁矿、黄铜矿、毒砂等金属矿物沉淀，形成矽卡岩型锡多金属硫化矿体；当围岩中存在富铜的三叠纪玄武岩时，成矿金属组合由以锡为主转变为富铜或以铜为主。②层间成矿阶段，含矿热液沿个旧组灰岩与白云岩互层的层间破碎带运移，受泥质岩隔档层阻挡，在碳酸盐岩层间发生交代和充填，形成层间氧化矿和硫化物矿体，矿体呈似层状、叠瓦状分布，产状与地层基本一致。③蚀变花岗岩型成矿阶段，含矿热液沿花岗岩体凸起边缘的节理、裂隙和断裂带运移，在岩体内部发生钾长石化、电气石化、萤石化等蚀变，锡石、黄铜矿、黄铁矿等矿物沿裂隙充填交代，形成蚀变花岗岩型矿体；岩体凸起顶部的“口字型”断裂夹持凹槽和多组断裂交汇部位是矿体就位的最有利空间。④断裂充填成矿阶段，含矿热液沿北东向、北西向断裂破碎带充填，形成脉状锡多金属矿体，矿体倾角较陡，与接触带面呈一定交角。⑤表生氧化阶段，地壳抬升后，原生硫化物矿体遭受风化剥蚀，磁黄铁矿、黄铁矿等氧化形成褐铁矿，使矿石呈现红褐色调；锡石因化学性质稳定而残留富集，在地表形成砂矿和氧化矿。

成矿物质具有多来源特征：锡、钨等亲花岗岩元素主要来源于燕山中—晚期黑云母花岗岩；铜部分来源于三叠纪玄武岩；铅、锌等贱金属主要来源于碳酸盐岩地层。成矿流体以岩浆热液为主，在运移过程中与地层水和大气降水混合，形成复杂的成矿流体系统。控矿因素可概括为“三位一体”：隐伏黑云母花岗岩提供成矿物质和热源，中三叠统个旧组碳酸盐岩提供有利围岩和化学条件，北东向—北西向—近东西向三组断裂提供矿液运移通道和储矿空间。岩体凸起边缘、断裂交汇部位、层间破碎带和顶部凹槽是矿体就位的关键部位。