第一阶段：海底火山喷流沉积（石炭纪）。在古特提斯伸展阶段，昌宁-孟连裂谷系发生强烈的海底基性火山喷发。富含金属的高温热液沿火山通道和断裂上升，从海底喷口喷出，遇到冷海水后温度骤降，金属硫化物迅速沉淀，在喷口周围和洼地中形成层状块状硫化物矿体。下部形成网脉状热液通道（黄矿：黄铜矿 + 黄铁矿），上部形成层状块状矿体（黑矿：方铅矿 + 闪锌矿 + 黄铁矿），最上部形成铁锰氧化物和银矿化。围岩发生青盘岩化、黄铁矿化和铁锰碳酸盐化等蚀变。第二阶段：构造变形与抬升（二叠纪-白垩纪）。古特提斯闭合阶段，区域构造由伸展转为挤压，早期喷流沉积矿体受到褶皱、断裂和浅变质作用，矿体形态发生改变。白垩纪晚期可能有一期热液活动（铅同位素模式年龄 66～87Ma）对矿体进行了改造，但细节尚不清楚。第三阶段：花岗斑岩侵位与斑岩型钼（铜）矿形成（喜马拉雅早期，约 44～45Ma）。印度板块与欧亚板块碰撞引发的构造-岩浆活动，使花岗斑岩沿深大断裂侵位到矿区深部。花岗斑岩在结晶分异过程中出溶形成富含钼、铜的岩浆热液，在岩体内部和接触带发生细脉浸染状矿化，形成厚大的斑岩型钼（铜）矿体。围岩发生矽卡岩化、黄铁绢英岩化等蚀变。辉钼矿 Re—Os 同位素年龄 44.23±0.28Ma 精确限定了这一成矿事件的时间。第四阶段：热液叠加改造与矿体富集（喜马拉雅早期）。花岗斑岩相关的热液沿断裂和层间破碎带向上运移，进入早期喷流沉积铅锌矿体，对其进行叠加改造。热液活动使早期硫化物发生重结晶、活化和再沉淀，矿体品位得到进一步提升，局部富集 Sn 和 Sb 等元素。同时，热液在 F₃等断裂破碎带中充填形成陡倾斜大脉状富厚铅锌银矿体。这一阶段的黄铁矿 Rb—Sr 等时线年龄为 45Ma，与斑岩型钼（铜）矿的形成时间基本一致。
