第一阶段：中泥盆世弧前盆地沉积与海底热水喷流沉积主成矿（约 3.9 亿至 3.8 亿年前）。 柞水-山阳地区处于弧前盆地环境，沉积了巨厚的半深海-深海相类复理石建造（大西沟组千枚岩-碳酸盐岩）。盆地深部的热液系统在断裂和岩浆活动的驱动下，循环加热海水并淋滤围岩中的成矿物质（Ag、Pb、Cu、Zn、Ba、Na、Si 等），形成含矿热水溶液；含矿热水沿同生断裂上升，通过海底喷口（黑烟囱式喷流）喷溢到海底，与冷的海水混合后温度、压力和化学条件骤变，金属硫化物和硅质、钡质、钠质等快速沉淀，在喷流口附近形成硅质岩、似碧玉岩，在稍远位置形成重晶石岩和钠长岩，在更远位置形成方铅矿、黄铜矿、闪锌矿等硫化物矿体，构成了条纹条带状构造和系统的元素分带（近端 Cu—Fe，远端 Ag—Pb—Zn）。这一阶段是银硐子矿床最主要的成矿期，形成了 13 号等主要矿体和热水沉积岩组合，硫来自泥盆纪海水，铅来自深源（海底火山活动），成矿时代为中泥盆世。第二阶段：后期构造-热液弱改造（约 2.1 亿年前印支期以来）。 印支期柞水花岗岩体（213.6±1.8Ma）侵位，区域构造变形使地层发生褶皱（文公庙向斜）和断裂（马耳峡断裂），部分原生层状矿体受到轻微改造 —— 条带状矿石局部重结晶变为团块状，粒度变粗，硫化物 δ³⁴S 值略有增大；但总体改造程度弱，矿体仍保持层状、似层状形态和与围岩的整合关系，原始热水沉积特征基本保存。
第三阶段：抬升剥露与表生氧化（约 6500 万年以来）。 区域持续隆升剥蚀，使部分矿体接近地表，近地表硫化物经风化淋滤形成褐铁矿、孔雀石、铅矾、白铅矿等次生氧化矿物，氧化带呈蜂窝状构造；大部分矿体仍隐伏于地下，向北深部仍有延伸，深部找矿潜力较大。
