第一阶段：中侏罗世塔木兰沟组火山岩喷发与赋矿围岩形成（约 170～160 百万年前）。 中侏罗世，蒙古-鄂霍茨克洋在额尔古纳地块北侧闭合后，区域进入碰撞后松弛阶段，玄武质岩浆底侵在加厚下地壳底部（>50 公里），使钙碱性-高钾钙碱性中基性变火成岩发生部分熔融，形成安山质岩浆。安山质岩浆沿断裂上升喷发，形成了塔木兰沟组中基性火山岩系（玄武岩、玄武安山岩、安山岩、安山质火山碎屑岩及火山沉积岩等），构成了额仁陶勒盖银矿的赋矿围岩。塔木兰沟组火山岩具有高硅、高铝、富钾的高钾钙碱性系列特征，源区残留为石榴石、单斜辉石及角闪石，岩浆在部分熔融及演化过程中不曾与斜长石平衡过。这一阶段虽然没有形成工业矿体，但火山岩中较高的银背景值为后期成矿提供了部分物质基础。第二阶段：早白垩世早期花岗岩浆侵位与含矿热液形成（约 138 百万年前）。 早白垩世早期，受蒙古-鄂霍茨克洋东段闭合和古太平洋板块俯冲的远程效应影响，区域处于强烈伸展构造背景，大规模拆离滑脱，地壳减压增温，加厚下地壳发生部分熔融（并有地幔物质加入），形成了黑云母正长花岗岩、花岗闪长岩等燕山晚期花岗岩体，分布于矿区西北部。花岗岩浆在结晶分异过程中，挥发分（H₂O、CO₂、HCl、HF、H₂S 等）和成矿元素（Ag、Au、Pb、Zn、Mn 等）逐渐富集，在岩浆演化晚期出溶形成富含银氯络合物的岩浆热液。与成矿密切相关的石英斑岩脉（SHRIMP U-Pb 年龄 138.6±2.3Ma）正是这一花岗质岩浆演化晚期的产物，Ag 在花岗岩、石英斑岩及石英脉中的含量随岩浆分异演化逐渐增高（0.32×10⁻⁶→1.95×10⁻⁶→6.01×10⁻⁶），最后在岩浆期后热液中富集成矿。

第三阶段：含矿热液沿断裂上升与银矿体形成（主成矿期，约 138～120 百万年前）。 富含银氯络合物的岩浆热液在岩浆热驱动下，沿北东向压扭性断裂和北西向张扭性断裂上升运移，在运移过程中与塔木兰沟组火山岩围岩发生水-岩反应，萃取围岩中的银、锰等成矿物质，并可能与大气降水混合。当热液运移到断裂交汇带、破碎带、层间剥离带等构造扩容部位时，由于压力骤降发生流体不混溶（沸腾），HCl 等挥发分逃逸，pH 值升高，银氯络合物分解，银与硫结合形成辉银矿，或被还原为自然银沉淀；同时方铅矿、闪锌矿、黄铜矿、黄铁矿等金属硫化物和菱锰矿等锰矿物也大量沉淀，形成了石英脉型、硫化物型和碳酸锰型原生银矿体。矿体呈脉状、网脉状产于塔木兰沟组火山岩中，在走向上呈雁行排列，在倾向上呈上灭下现或分支复合形式。围岩发生硅化、绢云母化、绿泥石化等线性蚀变，靠近矿体为硅化，向两侧为绢云母化和绿泥石化。这一阶段是额仁陶勒盖银矿的主成矿期，形成了矿区主要的工业矿体。第四阶段：表生氧化与银锰矿形成（白垩纪晚期以来）。 成矿后区域持续抬升，原生银矿体遭受风化剥蚀。在地表和近地表的氧化带中，原生银矿物（辉银矿、自然银、方铅矿中的银等）被氧化溶解，银离子随水溶液向下和侧向迁移；当遇到锰的氧化物和氢氧化物（硬锰矿、软锰矿、锰钾矿、锰铅矿等）时，由于锰矿物具有很强的吸附能力和离子交换能力，银离子被强烈吸附，以离子吸附状态或类质同象形式赋存于锰矿物中；同时，银离子与水溶液中的 Cl⁻、Br⁻、I⁻结合，形成角银矿、溴银矿、碘银矿等卤化银矿物。这样，在地表和近地表形成了以硬锰矿、软锰矿、角银矿为主的氧化锰型银锰矿石，而在深部则保留了以菱锰矿、辉银矿、方铅矿为主的碳酸锰型和硫化物型原生矿石，形成了 "上氧化锰型、下碳酸锰型 / 硫化物型" 的垂直分带。表生氧化作用不仅形成了独特的银锰矿，还使银在氧化带中发生次生富集，形成了高品位的氧化矿石。