自然金是哈达门沟金矿最主要的有用矿物，黄铁矿则是金的最主要载体矿物，另外还伴生有方铅矿、黄铜矿、闪锌矿、辉铜矿、磁铁矿、赤铁矿、镜铁矿、褐铁矿，以及少量碲铋铜矿、自然碲、碲镍矿等碲化物。脉石矿物以石英和钾长石为主。矿区内矿石可归纳为三类：一是含金石英-钾长石脉型，为最主要的矿石类型，石英与钾长石共生构成脉体，黄铁矿等金属硫化物呈浸染状或细脉状分布其中；二是含金钾长石化蚀变岩型，矿体与围岩无明显界线，呈渐变过渡，金属硫化物呈稀疏浸染状分布于砖红色钾长石化蚀变岩中；三是石英脉型，以乳白色至烟灰色纯石英脉为主，金属硫化物含量较低，多呈细脉状或团块状分布。
