自然金是金山金矿最主要的含金矿物，成色高，在石英脉型矿石中普遍可见明金 。这是造山型金矿的重要标志之一。金属硫化物以黄铁矿为主，其次为毒砂、闪锌矿、黄铜矿和方铅矿等。脉石矿物以石英、云母（绢云母、白云母）、绿泥石、钠长石和铁白云石为主。金山金矿的矿石类型可归纳为两大类：一是超糜棱岩型金矿石，为矿区最主要的矿石类型，占总储量的约 70%，矿石呈灰绿色或深灰色，显微粒状变晶结构，块状或千枚状构造，黄铁矿等硫化物呈细粒浸染状分布于超糜棱岩中，矿体与围岩没有明显界线，呈层状或似层状顺层产出，矿石品位较低但储量巨大、延伸稳定；二是石英脉型金矿石，以乳白色石英脉为主体，黄铁矿等硫化物呈团块状、细脉状或网脉状分布，矿石品位高，普遍可见明金，矿脉呈透镜状，单体长几米至几十米，厚度一般小于 1 米，脉体与围岩界限清晰，近脉围岩的金含量均较高。两类矿石在空间上密切共生 。超糜棱岩型矿体构成矿体的主体，石英脉型矿体则叠加在超糜棱岩型矿体之上或其旁侧，反映了成矿早期韧性推覆剪切形成超糜棱岩型矿化、成矿晚期走滑剪切形成石英脉型矿化的两阶段成矿过程。
