第一阶段：初始矿源层形成（加里东-海西期，约 4 亿～2.5 亿年前）。 该阶段主要接受若尔盖古陆剥蚀物质的供给，在早寒武世和早泥盆世沉积时，海底火山喷发物和热水喷流物进入沉积物中，Au、Hg、Sb、Ag、As、Mo、V 等元素在沉积物中形成初始富集，构成区域矿源层。三叠纪时期，研究区为浅海碳酸盐岩台地环境，沉积了厚层的下三叠统马热松多组灰岩、白云质灰岩，为后期成矿准备了赋矿围岩和古岩溶发育的物质基础。第二阶段：地槽回返与成矿物质浓集（印支期，约 2.3 亿～2 亿年前）。 随着印支期地槽回返，产生碰撞造山，形成西倾山隆起带及区域性大断裂（玛沁-略阳断裂等）。稍后，格尔括合花岗闪长斑岩（锆石 U—Pb 年龄约 215～214Ma）及其派生脉岩沿主断裂及其旁侧次级构造侵入就位，带来成矿物质和热源，同时产生区域变质作用，导致成矿物质从固相转变为液相进入流体热液，在有利部位形成金矿（化）层位。此期为金的初步浓集阶段。第三阶段：主成矿期 。热液活动与金沉淀（燕山早期，约 1.9 亿年前）。 在印支运动基础上，相继发生高角度逆冲断裂活动，形成玛沁-略阳、格尔柯-忠曲等区域性大断裂。该期成矿作用有两种形式：一方面，中-中酸性岩浆在沿断裂由深部向地表迁移中产生侵入-隐爆，形成隐爆角砾、顶蚀、塌陷等构造空间，岩浆后期热液夹带大量含金物质，在构造有利部位（断裂交汇带、古岩溶构造、岩脉接触带）交代充填成矿；另一方面，岩浆热源使断裂带两侧地热流急剧上升，不断加入下渗的大气水和地下水，产生循环式热对流系统，不断淬取、淋滤岩石中的矿质元素，形成含矿热卤水。含矿热卤水沿断裂破碎带和古岩溶构造运移时，随着温度（120～171℃）、压力降低和 pH 值升高（从酸性到弱碱性），在氧化环境中发生赤铁矿化和硅化，金硫络合物分解，自然金快速沉淀富集，形成以赤铁矿化硅质岩为特征的 "大水式" 金矿体。

第四阶段：复合叠加与抬升剥蚀（喜山期以来，约 6500 万年至今）。 喜山早期受大规模推覆、挤压和火山活动影响，产生大量热源，使金进一步活化迁移，在原矿体或矿化体上重新复合叠加，形成厚大富矿体。晚期地壳持续抬升，发生强烈剥蚀作用，绝大部分矿体出露地表，使矿体氧化，形成以赤铁矿化、褐铁矿化为特征的氧化矿石和以 Au 为主的分散流晕、次生晕异常。浅部氧化带中金发生次生富集，形成高品位氧化矿石，这也是大水金矿浅部品位高、易采选的重要原因。